Menyeruaknya beberapa kasus korupsi dana PEN menjadi cerminan bahwa ada kelemahan dalam tata kelolanya. Dalam laporan hasil audit BPK RI 2021 terhadap penanganan covid-19 dan Pemulihan Ekonomi Nasional (PC-PEN) tahun 2020 ditemukan beberapa masalah. Misalnya, penyusunan program dan perubahan program PC-PEN pada Kementerian Keuangan yang belum sepenuhnya didukung dengan data/perhitungan yang andal. Temuan lainnya, perubahan tujuan dan besaran anggaran yang tidak didukung perencanan yang cukup, pertanggungjawaban dan pelaporan termasuk kegiatan pengadaan barang jasa belum memenuhi ketentuan perundangan.