Pada Senin, 3 Juni 2024 Menteri Sekretaris Negara Pratikno mengumumkan pengunduran diri Kepala Otorita IKN Bambang Susantono dan Wakil Kepala Otorita Dhony Rahajoe. Namun, Pratikno dalam kesempatan tersebut tidak merinci alasan mundurnya dua pimpinan otorita. Langkah tidak transparan tersebut lalu membuat publik menghubungkan pengunduran diri mereka dengan pembangunan IKN yang sarat akan masalah.